Considerado o maior ídolo da história do Avaí, o ex-meia Marquinhos Santos, ou simplesmente Marquinhos, quando atuava como jogador, esteve em uma das maiores formações recentes do futebol brasileiro, o Santos de 2010.
Ele estreou profissionalmente em 1999, revelado pelas categorias de base do clube catarinense. Em 2000, foi transferido para o Bayer Leverkusen, mas não se adaptou ao futebol alemão, mesmo tendo os direitos federativos presos ao clube até 2005. No período, foi emprestado e atuou no Flamengo (2002), Paraná (2003), São Paulo (2004) e Coritiba (2005).
Em 2006, foi negociado com o Iraty, que o emprestou para o Avaí em 2006, e para o Santa Cruz e Atlético-MG em 2007. No ano seguinte, teve sua terceira passagem pelo Avaí, quando teve destaque na campanha da equipe na Série B, que teve o Corinthians como campeão. Os catarinenses ficaram na terceira posição, garantindo o acesso à elite do futebol brasileiro.
Viveu uma ótima fase na equipe catarinense no Brasileiro de 2009, quando recebeu elogios do ex-técnico da seleção brasileira, Carlos Alberto Parreira, que o considerou em agosto daquele ano o melhor meia em atividade no futebol do país. Dois dias depois, o célebre torcedor do Avaí Gustavo Kuerten pediu ao então técnico Dunga a convocação de Marquinhos para o time verde-amarelo. O Avaí terminou o Campeonato Brasileiro em sexto lugar, até hoje a melhor campanha do time na competição.
No final do ano, teve sua contratação anunciada pelo clube com a posse da nova diretoria, que tinha como presidente Luiz Álvaro de Oliveira Ribeiro, o Laor. O time tinha acabado o Campeonato Brasileiro de 2009 lutando contra o rebaixamento, e começava a ser reestruturado com o novo técnico, Dorival Júnior, e Marquinhos era um dos primeiros reforços. Chegavam junto com ele os zagueiros Bruno Rodrigo e Bruno Aguiar, além do elenco contar com o retorno de Giovanni à Vila Belmiro.
Marquinhos no Santos de 2010
Marquinhos estreou com a camisa santista no terceiro duelo do time no Campeonato Paulista, derrota para o Mogi Mirim fora de casa por 2 a 1, partida que também contou com outro estreante, Durval, ex-zagueiro do Sport. Foi titular no jogo seguinte, goleada de 5 a 0 contra o Barueri, quando formou o meio de campo com Rodrigo Mancha, Wesley e Paulo Henrique Ganso.
Foi titular na maior parte do Campeonato Paulista, atuando nas duas partidas da final contra o Santo André, e também na Copa do Brasil, duas competições em que o Santos se sagrou campeão com atuações e goleadas históricas. Na vitória por 4 a 2 contra o Botafogo-SP, chegou a fazer dois gols.
Contudo, com um meio de campo que passou a contar também com Arouca como titular, e eventuais entradas dos volantes Germano e Roberto Brum no primeiro semestre, Marquinhos foi perdendo espaço no Campeonato Brasileiro, em especial após a saída de Dorival e a efetivação de Marcelo Martelotte como treinador. O meio de campo alvinegro na competição contou ainda com a entrada como titulares ou eventuais dos garotos Zezinho, Adriano, Alan Patrick e Felipe Anderson, além dos contratados Rodrigo Possebon e Rodriguinho.
Na reta final do Brasileiro daquele ano, no jogo entre Santos e Avaí, na penúltima rodada, o Santos já não tinha qualquer pretensão no campeonato, enquanto os catarinenses lutavam para escapar do rebaixamento. Após abrir 2 a 0, o Alvinegro tomou a virada, com três gols do meia Caio, e Marquinhos, então no Peixe, foi filmado em um camarote chorando pelo time do seu coração ter se salvado na Ressacada. Em seguida, voltou por empréstimo ao Avaí.
Foi apresentado em grande estilo em sua volta à Ressacada, em dezembro. “Aqui sempre foi a minha casa e sempre será. Eu posso estar jogando futebol por outros clubes, outras camisas, mas o meu coração e o meu sangue sempre será azul”, disse no início da sua quarta passagem com a camisa alviceleste.
Jogaria pelo Grêmio no ano seguinte e em 2012, retornando para o Avaí em 2013, onde ficou até a aposentadoria, em 2019.
Pelo Santos, fez 47 jogos, com 9 gols, e pelo Avaí, foram 200 partidas, marcando 48 vezes.